El estómago mantiene la integridad de su mucosa por diferentes mecanismos, siendo los mismos: la producción de mucus, la secreción de bicarbonato (HCO3-), el flujo sanguíneo local, la renovación celular y la producción de determinadas prostaglandinas (por ej. PGE2). El déficit de alguno de estos factores puede facilitar el daño de la mucosa del órgano.
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Las células epiteliales de la mucosa actúan a modo de barrera de defensa por medio de la secreción mucosa y el bicarbonato (HCO3-). Dicha secreción protege a las células mucosas, las lubrica, retiene agua y forma una capa que bloquea el pasaje de iones hidrógeno (H+) desde la luz gástrica hacia las células epiteliales de la mucosa. Ese impedimento en la difusión de iones hidrógeno (H+) es un proceso producido gracias al aspecto viscoso del mucus y a que se mantiene una concentración adecuada de bicarbonato. En la úlcera de estrés, se piensa que el principal factor que la determina es el déficit en el flujo sanguíneo local.